Las opciones del Menú Herramientas mayoritariamente ejecutan los Módulos de Soporte a MiraMon (MSA) que permiten realizar muchas operaciones de análisis, geometría, etc, con rásters y vectores. También se incluye dentro de este menú el acceso al Gestor Universal de Metadatos Geoespaciales (GeM+), que permite crear, visualizar y editar los metadatos asociados a una base cartográfica determinada en formato MiraMon.
Por otra parte, también en el menú Herramientas se ha incorporado el acceso al Bloc de notas y a la Calculadora científica de Windows, por ser de utilidad en varios procesos con rásters y vectores y porque ejemplifica que es viable añadir accesos a otras aplicaciones desde el menú del MiraMon.